Trường hợp tổ hợp tác có nhu cầu được cấp lại Giấy chứng nhận đăng ký tổ hợp tác do bị mất, cháy, rách, nát hoặc bị tiêu hủy dưới hình thức khác; hợp tác xã có nhu cầu được cấp lại Giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã, Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện, Giấy chứng nhận đăng ký địa điểm kinh doanh do bị mất, cháy, rách, nát hoặc bị tiêu hủy dưới hình thức khác, tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã gửi văn bản đề nghị cấp lại đến cơ quan đăng ký kinh doanh cấp xã nơi đặt trụ sở.
Cơ quan đăng ký kinh doanh cấp xã xem xét cấp lại Giấy chứng nhận đăng ký tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị.
Trường hợp hồ sơ chưa hợp lệ hoặc tên tổ hợp tác yêu cầu đăng ký không đúng theo quy định hoặc thông tin kê khai trong hồ sơ đăng ký không thống nhất, cơ quan đăng ký kinh doanh cấp xã phải thông báo bằng văn bản nội dung cần sửa đổi, bổ sung cho người thành lập tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã hoặc tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ. Cơ quan đăng ký kinh doanh cấp xã ghi toàn bộ yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ đăng ký đối với mỗi một bộ hồ sơ do tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp trong một thông báo yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ.

Người nộp hồ sơ sử dụng tài khoản định danh điện tử để truy cập vào Hệ thống thông tin về đăng ký hợp tác xã.
Người nộp hồ sơ kê khai thông tin, tải văn bản điện tử, ký xác thực hồ sơ đăng ký trên môi trường điện tử và thanh toán lệ phí theo quy trình trên Hệ thống thông tin về đăng ký hợp tác xã.
Sau khi hoàn thành việc gửi hồ sơ đăng ký, người nộp hồ sơ sẽ nhận được giấy biên nhận hồ sơ đăng ký trong tài khoản của người nộp hồ sơ trên Hệ thống thông tin về đăng ký hợp tác xã.
Các thông tin đăng ký tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã trên Hệ thống thông tin về đăng ký hợp tác xã được truyền sang Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế để phối hợp, trao đổi thông tin giữa cơ quan đăng ký kinh doanh cấp xã và cơ quan thuế.
Trường hợp hồ sơ đủ điều kiện cấp đăng ký tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã, cơ quan đăng ký kinh doanh cấp xã thực hiện cấp đăng ký cho tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã bằng bản giấy hoặc bản điện tử. Trường hợp hồ sơ chưa hợp lệ hoặc tên tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã yêu cầu đăng ký không đúng theo quy định hoặc thông tin kê khai trong hồ sơ đăng ký không thống nhất, cơ quan đăng ký kinh doanh cấp xã gửi thông báo trên môi trường điện tử cho tổ hợp tác, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã để yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ. Người nộp hồ sơ sử dụng tài khoản truy cập vào Hệ thống thông tin về đăng ký hợp tác xã để nhận thông tin phản hồi về kết quả xử lý hồ sơ.