- Bước 1: Hàng quý, người nộp phí kê khai phí theo Mẫu số 01 ban hành kèm theo Nghị định số 53/2020/NĐ-CP với Ủy ban nhân dân cấp xã và nộp phí vào tài khoản “Tạm thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt” của Ủy ban nhân dân cấp xã mở tại Kho bạc Nhà nước chậm nhất là ngày 20 tháng đầu tiên của quý tiếp theo. - Bước 2: Tổ chức thu phí thực hiện thẩm định Tờ khai phí, trường hợp không đúng với thực tế thì ra Thông báo nộp bổ sung hoặc điều chỉnh giảm số phí phải nộp vào kỳ nộp phí tiếp theo.

- Đối với cơ sở có tổng lượng nước thải trung bình trong năm tính phí từ 20m3/ngày trở lên: + Bước 1: Hàng quý, chậm nhất là ngày 20 của tháng đầu tiên của quý tiếp theo, người nộp phí kê khai phí theo Mẫu số 02 ban hành kèm theo Nghị định số 53/2020/NĐ-CP với tổ chức thu phí và nộp phí vào tài khoản “Tạm thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp” của tổ chức thu phí mở tại Kho bạc Nhà nước, nộp bổ sung số phí phải nộp theo Thông báo của tổ chức thu phí (nếu có) trong thời hạn 10 ngày kể từ khi có Thông báo. + Bước 2: Tổ chức thu phí thực hiện thẩm định Tờ khai phí, trường hợp số phí bảo vệ môi trường phải nộp khác với số phí người nộp phí đã kê khai thì ra Thông báo nộp bổ sung theo Mẫu số 03 ban hành kèm theo Nghị định số 53/2020/NĐ-CP hoặc điều chỉnh giảm số phí phải nộp vào kỳ nộp phí tiếp theo.
- Đối với cơ sở có tổng lượng nước thải trung bình trong năm tính phí dưới 20m3/ngày: + Bước 1: Người nộp phí kê khai phí một lần với tổ chức thu phí khi mới bắt đầu hoạt động theo Mẫu số 02 ban hành kèm theo Nghị định số 53/2020/NĐ-CP, thời gian khai chậm nhất là ngày 20 tháng liền sau tháng bắt đầu hoạt động. + Bước 2: Nộp phí một lần cho cả năm theo Thông báo của tổ chức thu phí, thời hạn nộp phí chậm nhất là ngày 31 tháng 3 hàng năm. Trường hợp cơ sở bắt đầu hoạt động sau ngày 31 tháng 3 hàng năm thực hiện nộp phí theo Thông báo của tổ chức thu phí trong thời hạn 10 ngày kể từ khi có Thông báo. + Bước 3: Tổ chức thu phí thực hiện thẩm định Tờ khai phí, trường hợp số phí bảo vệ môi trường phải nộp khác với số phí người nộp phí đã kê khai thì ra Thông báo nộp bổ sung theo Mẫu số 03 ban hành kèm theo Nghị định số 53/2020/NĐ-CP hoặc điều chỉnh giảm số phí phải nộp vào kỳ nộp phí tiếp theo.
- Đối với các cơ sở sản xuất, chế biến thuộc trách nhiệm quản lý trực tiếp của Bộ Công an và Bộ Quốc phòng (trường hợp thuộc bí mật quốc phòng, an ninh): + Bước 1: Hàng quý, chậm nhất là ngày 20 tháng đầu tiên của quý tiếp theo, người nộp phí kê khai phí (theo Mẫu số 02 ban hành kèm theo Nghị định số 53/2020/NĐ-CP nộp cho Bộ Công an và Bộ Quốc phòng. + Bước 2: Bộ Công an và Bộ Quốc phòng thẩm định Tờ khai phí bảo vệ môi trường và Thông báo với Sở Nông nghiệp và Môi trường nơi cơ sở hoạt động theo Mẫu số 04 ban hành kèm theo Nghị định số 53/2020/NĐ-CP chậm nhất là 30 ngày kể từ ngày nhận được Tờ khai phí.