Bước 1: Nộp hồ sơ: Tổ chức, cá nhân nộp hồ sơ đến Cục Quản lý và Xây dựng công trình thủy lợi thuộc Bộ Nông nghiệp và Môi trường
Bước 2: Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ, cơ quan tiếp nhận xem xét, kiểm tra; trường hợp hồ sơ không hợp lệ, cơ quan tiếp nhận thông báo bằng văn bản cho tổ chức đề nghị phê duyệt quy trình vận hành để hoàn chỉnh theo quy định.
Bước 3: Trong thời hạn 30 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, cơ quan tiếp nhận tổ chức thẩm định và trình cấp có thẩm quyền xem xét phê duyệt. Trường hợp không đủ điều kiện phê duyệt, cơ quan tiếp nhận thông báo bằng văn bản cho tổ chức đề nghị phê duyệt để bổ sung, hoàn thiện hồ sơ.